変異株

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情報源[編集]

概要[編集]

  • RNAウイルスなので突然変異を起こしやすい。ただしHIVよりは遅い
  • 1つ以上の変異によって感染力や病原性が変わったウイルスをvariant(変異ウイルス,変異株)と呼んでいる
  • 例えばN501Yはスパイクタンパク上で変異したアミノ酸とその位置なので変異名。各変異株は複数の変異を含むことがある。
  • マスメディアでイギリス株とかインド株とか呼ばれているのは,その変異株が最初に報告された国だが,差別や偏見を助長する恐れがあるので望ましくなく,厚生労働省の資料などでは「英国で確認された変異株(VOC-202012/01)」のような書き方がされている。
  • CDCは変異株を3つのクラスに分けていて,2021年5月7日現在該当する変異株は以下(その後WHOや日本はB.1.617系統もVOCに指定したが,2021年5月21日現在,CDCの分類ではまだVOIのままである)。
    • VOI(注目すべき変異株) B.1.526 (20C/S:484K), B.1.526.1 (20C), B.1.525 (20A/S:484K), P.2 (20J), B.1.617 (20A), B.1.617.1 (20A/S:154K), B.1.617.2 (20A/S:478K), B.1.617.3 (20A)
    • VOC(懸念される変異株) B.1.1.7 (20I/501Y.V1), P.1 (20J/501Y.V3), B.1.351 (20H/501.V2), B.1.427 (20C/S:452R), B.1.429 (20C/S:452R)
    • VOHC(重大な結果をもたらす変異株)まだ該当無し

ガンマ株[編集]

  • Imai M et al. "Characterization of a new SARS-CoV-2 variant that emerged in Brazil"(ProNAS,2021年7月6日号)は,東大医科研の河岡先生のグループからの論文で,gamma株(P.1)についての詳報。この株は南米で猛威を振るっていたが,最近は減りつつある(とはいえ,GISAIDによると,ブラジルでは過去4週間の84%がgamma株らしいが)。この論文は,元々のSARS-CoV-2への感染でできる抗体も,mRNAワクチンでできる抗体も,この変異株にある程度の中和活性を示したけれども,若干抗原が違っていることを示しているようだが,世界的にみれば,delta株についてのこういう論文が欲しいところ。

呼び方について[編集]

  • 変異株名としてはPango lineagesによるB.1.1.7やP.2のような命名とNextstrainによる20Cのような命名があるが,VOC-202012/01のような表記もある(VOC-202012/01とB.1.1.7と20I/501Y.V1は同じもの。いわゆる英国変異株)。501Y.V2(いわゆる南アフリカ変異株)や501Y.V3(いわゆるブラジル変異株)はN501Y変異とE484K変異を含む。B.1.617, B.1.617.1, B.1.617.2, B.1.617.3(いわゆるインド変異株)はL452R変異を含む。
  • N501Y変異をもつと感染力が強く,E484K変異をもつと中和抗体の有効性が低くなる報告がある。
  • マスメディアは時々Pango Lineageの命名法の"."を省略するが止めて欲しい。あれはRのバージョンと同じく"."で区切られた整数に意味があるので,B.1.1.1.36だったC.36をC36と書いてはいけない。
  • よく参照される命名法には,Pango Lineageのものの他にNextstrainのものもあるが,2021年5月31日に,名称が複雑でわかりにくいからメディアなど非科学者コミュニティが参照しやすいようにということで,WHOがギリシャ文字のラベルを付け始めた。この" WHOのラベルは,系統関係とも含まれている変異とも関係が無く,VOCとVOI別々に検出順に付けられているので(VOCについてみると,変異株として世界的に最初に注目された「英国で最初に見つかった変異株」ことB.1.1.7がAlpha,次に注目を浴びた「南アフリカで最初に見つかった変異株」ことB.1.351がBeta,次に注目を浴びた「ブラジルで最初に見つかった変異株」ことP.1がGammaとなっている),WHOの表を参照しないと何なのかがわからない(例えば,VOIであるB.1.617.1がKappa,系統的には近いがVOCであるB.1.617.2がDelta)。それでも,初めて検出された国の名前を使って「○×株」と呼ぶのに比べると,差別や偏見を避けることができるから,良いラベルなのかもしれない(VOCとVOI別々に報告順にAlpha-DeltaとEpsilon-Kappaになっているから,ずっとフォローしていればわからないこともないかもしれないし)。ただ,VOIからVOCに指定が変わったり,新たにVOCにしたい株が出てきたらどうするのだろう?

変異株別の感染報告数推移[編集]

国によるVOI/VOC指定の違い[編集]